domingo, 14 de febrero de 2010

Nociones de filosofía. I - Antigua Grecia.

FILOSOFIA GRIEGA.

I. PRESOCRATICOS.
I.I JONIOS: Formulan que hay una materia prima que se denomina arjé. Su principio fundamental, de la que esta creado todo lo existente.

-TALES DE MILETO: El arjé es el agua en diversos grados de condensación.

-ANAXIMANDRO: Discípulo de Tales. El arjé es algo abstracto, indeterminado, inasible para la experiencia. Es lo UNO, necesario y atemporal. Lo que deriva de el es lo imperfecto.

-ANAXIMENES: El arjé seria el aire, principio vital del cual derivan todas las demás cosas.

- PITAGORAS: Los pitagóricos constituyen en su época una secta. La base de la enseñanza es la ciencia de los números. Estos para los pitagóricos tienen un valor simbólico. Postula un sistema moral y el eje es la transmigración de las almas o metempsicosis.

-ELEATAS (PARMENIDES) Contemparaneos de los pitagóricos, tratan de trascender la doxa (Opinión) y buscan la alétheia (Verdad) De esta forma descubren lo que llaman “el ente”, principio inmaterial de todas las cosas.
De esta manera con los eleatas comienza la especulación metafísica. El objeto de estudio es ahora el Ser, único, inmóvil, eterno, que simplemente se limita a ser. El Ser es la Verdad y está más alla de la experiencia sensible. Sin embargo el cambio, la multiplicidad, LA OPINION que deriva del ser y es imperfecta, es lo que captan los sentidos.

-HERACLITO: Al contrario que los eleatas, Heraclito postula que lo único que existe es el continuo devenir. Postula que el arjé es el fuego, pues es símbolo de continua transformación y cambio. Todo fluye. No existe un ser inmutable. Por esta veneración al movimiento y a la transformación, encumbra a la guerra.

-EMPÉDOCLES: Concilia los sistemas anteriores, pues introduce la presencia de cuatro elementos: tierra, fuego, agua, aire, que son los fundamentales para conformar la materia. Estos elementos básicos son eternos, irreductibles y se combinan por dos fuerzas supremas, de amor u odio. La disgregación del orden en la composición de estos elementos es lo que provoca la enfermedad y la muerte.

-ANAXÁGORAS (Siglo de Pericles) Toma la teoría corpuscular empedoclea y trasciende el esquema de los cuatro elementos: los corpúsculos son infinitos y ubicuos. Todo esta en todo. Agregados al azar suponen caos pero ordenados determinan la existencia y la vida. El orden viene establecido por el noûs, Mente Suprema, presente en todo ser viviente.

-DEMOCRITO. Postula la teoría atómica. La materia esta organizada por atomos idénticos, de cuya agregación resulta la materia. Dependiendo del movimiento se determina la multiplicidad y la complejidad.

II. LOS SOFISTAS.
Sofista etimológicamente significa sabio. Son eminentemente fruto de la Polis griega, a diferencia de los Presocraticos, que encerraban su conocimiento herméticamente. A diferencia de estos, los sofistas abren debates en la plaza publica y ofrecen sus conocimientos a cambio de dinero. Paradójicamente para la fama que tienen a dia de hoy, los sofistas trataban de evitar las especulaciones abstractas y buscaban el pragmatismo en sus disertaciones, pero sin embargo su precupacion por la filología y la ciencia lingüística les hace caer en la retorica. Aristoteles llega a calificar sus enseñanzas de “saber aparente” Hegel, por el contrario, les recupera del ostracismo alabando su labor de maestros.
PROTAGORAS, exponente de esta época, defendió en sus tesis que “el hombre es la medida de todas las cosas” lo que alienta el relativismo filosófico que huye de la búsqueda del Ser (concepto metafisico) para tratar de alcanzar una existencia justa y digna como fin en si mismo.

III. SÓCRATES.
Fue ateniense y podríamos inscribirlo dentro de los sofistas, pero siendo un marginado social por voluntad propia. Emplea el dialogo y el debate sin concesiones a la retórica. Busca ante todo la Verdad. Según el tiene un Daimon, un demonio interior que le aconseja sobre lo bueno y malo. La ironia socrática es el método para tratar de disipar errores mediante preguntas y respuestas, para tratar de alcanzar la mayéutica o alumbramiento de una definición que concrete los conceptos. Socrates cree en que hay una verdad concreta, no relativa, que se alcanza mediante introspección y conocimiento de las propias limitaciones.
La búsqueda de esta verdad es imposible sin cultivar la virtud (Areté) y de hecho asegura que no se obra mal si no es por ignorancia. Sabiduria implica virtud. El Daimon es un instinto moral innato. Socrates llevo el rigor ético hasta sus ultimas consecuencias acatando una sentencia injusta que acabaría con su vida por hacer cumplir la ley.

sábado, 13 de febrero de 2010

Energias renovadas.

Extrañamente hay epocas en las que me encuentro bastante mas cansado de lo habitual para acometer las empresas cotidianas. Es el caso de cambio de año, que si, que ya se que estamos a mediados de febrero, pero no esta de mas recordar que ha sido en esa epoca, especialmente a partir de mediados de diciembre, cuando he perdido la conexion con la cresta de la ola.

Es habitual en mi, quiero decir que no es cosa de este año, en general lo de las navidades y las uvas no me suele sentar muy bien a mi mecanismo.

Pero aquí estoy de nuevo, si bien es cierto que tengo el blog un poco abandonado (un poco bastante, la ultima entrada es de Junio) si realizo esta entrada y estos cambios es para indicar precisamente que estoy en una etapa, ahora que he finalizado el ultimo examen del primer semestre, de acumulacion de energias renovadas para poner en marcha esos proyectos que tengo siempre en el cajon olvidados.

¿Que proyectos son? Bueno, uno de ellos al menos, que es el de tratar de ponerme en forma, lo he empezado a hacer y a hacer bien, aunque aun me queda. El siguiente seria dedicarle unos minutos al dia a escribir esa novela que hace tiempo me ronda en la cabeza.

Pero en definitivas cuentas estoy en un momento propicio para poner en orden mis pensamientos y prioridades, para tratar de proponerme nuevos retos y cumplirlos, siendo el mayor de todos ellos que Junio y Julio sean, academicamente hablando todo un exito.

Y nada mas por hoy. Esta entrada es mas que nada para decir ¡Ei, que estoy aqui, he vuelto!

martes, 9 de junio de 2009

Combo Tema 5 y tema 6:de enzimologia

Ahi va otro resumen, que hoy estoy en racha:

El tema cuatro no tengo bemoles a hacerlo, con tanta grafica de Lineawer-Burk y demás.

Tema 5. Significancia de los parametros cineticos Kcat, Km y Kcat/Km.


Kcat:

Número de ciclos cataliticos por unidad de tiempo
(en segundos-1) Indica el numero de moleculas de sustrato transformadas a producto por molecula de E y unidad de tiempo (el enzima esta saturado)

Kcat: 100 sec-1 (una mlecula de enzima transforma 100 moleculas de sustrato en un segundo)

Una elevada Kcat representa una elevada velocidad. El valor de kcat siempre es el limite inferior de las constantes de velocidad unimolecular en el sentido sutrato a producto.


Km:

Tiene unidades de concentración. Es la concentracion de sustrato a la cual la velocidad es la mitad de Vm. Tambien se conoce como constante de saturabilidad.

Km es una constante de disociacion aparente que nos brinda informacion sobre la afinidad del enzima hacia el sustrato: cuanto mas pequeña es la Km mayor afinidad del enzima hacia el sustrato.


Kcat / Km:

Nos da la eficiencia catalitica del enzima (cuan bueno es)
Nos informa de la especificidad enzimatica sobre varios sustratos.
Sus unidades son M-1· Sec-1


No puedo dejar este resumen sin la cancionzaca.



TEMA 6: Inhibicion de la catalisis enzimática: tipo de inhibidores.

En este tema voy a omitir graficas, asi que quedara un poco bluf, pero bueno.

Inhibidores: sustancias que disminuyen la velocidad de las reacciones enzimáticas.
Son utiles para esclarecer el mecanismo de actuacion enzimatica, tener datos de la estructura del centro activo y para el desarrollo de farmacos.

Tipo de inhibidores:

I. INHIBIDORES REVERSIBLES: Se notan sus efectos a concentraciones elevadas de inhibidor, pues se unen debilmente al E.

I.I COMPETITIVOS. Generalmente su estructura es similar a la del sustrato.
I.II ACOMPETITIVOS
I.III MIXTOS (los no competitivos son una subclase de mixto)

II. INHIBIDORES PSEUDOIRREVERSIBLES: Se notan sus efectos a concentraciones de inhibidor similares a la del enzima.

III. INHIBIDORES IRREVERSIBLES. Se pierde la actividad enzimatica, pues en inhibidor se une fuertemente (de manera covalente)

Esto sin las graficas de Dixon y Cornish Bowden se queda en ná. :(

IC50: Representa la concentracion de inhibidor requerida para apreciar un 50% de inhibicion. El IC50 depende de la concentracion de sustrato excepto en el caso de inhibicion no competitiva.

Bueno, aqui lo voy a dejar por hoy, mañana más.

lunes, 8 de junio de 2009

Tema 3 de enzimologia: técnicas de ensayo de las enzimas

Dedicado a mi buen amigo Lluis, que no se muy bien porqué pero no parecen entretenerle demasiado los resumenes que realizo.

Animo Lluis! ¿Que quieres que escriba yo ahora en el Blog que no sea precisamente en lo que tengo ocupado el 95% de mis dos hemisferios cerebrales? (el otro cinco por ciento es para una chica guapisisima que esta sentada a un metro de mi en diagonal y que me está distrayendo con su molesta belleza)

Bueno, alla va:

Tema 3: Técnicas de ensayo de los enzimas.

La actividad enzimatica se expresa como cantidad de sustrato o producto transformado o generado en funcion del tiempo necesario.

Las unidades de actividad (U) suelen expresarse como micromol entre minuto, pese a que el el sistema internacional de unidades se expresa en katal (kat) (= mol/segundo)y supne la cantidad de enzima necesaria para transformar los moles de sustrato a producri por segundo.

Para facilitar el calculo tambien se puede calcular por incremento de absorbancia respecto a tiempo.

El metodo que escojamos para estudiar la actividad enzimaica nos debe permitir trabajar en condiciones de estabilidad del enzima.

-METODO EN SISTEMA CONTINUO: Vemos todo el proceso a lo largo del tiempo.

-METODO EN SITEMA DISCONTINUO: Detenemos el proceso a tiempo determinado para hacer el ensayo.

METODOS:

I. ESPECTROMETRIA:

Ha de haber un componente que aparezca o desaparezca y que con ello cambie su espectro. Calculando el incremento de absorbancia respecto tiempo podemos determinar la actividad enzimatica.

II. CROMOFOROS SINTETICOS.

Sin ser el sustrato natural del enzima se ven modificados por este y dar cambios en el espectro.

III. REACCIONES ACOPLADAS.

Si no tenemos ningun componente de la reacción que de un cambio en el espectro de absorbancia podemos utilizar una segunda reaccion en el que el producto de la primera sea sutrato para esta, con la ventaja que en este caso si disponemos de un componente (habitualmente el NADH) que si da cambio en el espectro.

Hemos de tener enzima y NADH en exceso y tener en cuenta la estequiometria.

IV: FLUORESCENCIA.

Similar al anterior pero con instrumental menos frecuente y mas caro.

V. TURBIDIMETRIA.

Util especialmente para determinar la actividad de enzimas relacionados con la ruptura de la pared bacteriana.

VI. ENSAYO ELECTROQUIMICO.

Indicado cuando en la reaccio hay cambio en la concentracion de protones. Se utilizan electrodos para ver la diferencia. Se suele utilizar en continuo.

VII. ENSAYO RADIOMETRICO.

Actuan en discontinuo. Se basan en la presencia de isotopos radiactivos en una parte de la muestra.

VIII. HPLC.

Discontinuo. Se puede hacer en digestion de productos polimericos donde vamos viendo los grados de degradacion.

IX. ELECTROFORESIS.

El sustrato corre con la enzima, una vez hecha la separacion ponemos el gel a incubar en las condiciones optimas para el enzima de manera que teñiendo el sustrato veremos vacios en el lugar donde esta el enzima (?)

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VELOCIDAD DE LA REACCION:

Para hablar de velocidad inicial hemos de trabajar a tiempos de reaccion cortos (asi la variacion de la concentracion de sustrat es despreciable) ademas la concentracion de enzima ha de ser fija e inferior a la de sustrato.

ORDEN DE REACCION

Cuando la velocidad de la enzima ya no depende de la concentracion de sustrato tenemos orden cero.

Cuando la reaccion no es lineal podemos apreciar dos comportamientos:

CINETICA BURST. la velocidad aumenta o disminuye al cabo de un tiepo corto de reaccion.
CINETICA LAG. La reaccion comienza lenta y luego se dispara.

Esto puede ser debido a una temperatura inadecuada, a particulas en suspension, a detectores de respuesta lenta, etc.

PURIFICACION ENZIMATICA.

El enzima ha de ser estable, segun la fuente el proceso de purificacion será distinto. (fuentes: celulas eucariotas, fermentacon bacteriana, latex de plantas)

Metodos para la purificacion se basan en propiedades fisicoquimicas del enzima:

-CENTRIFUGACION: Masa.
-ELECTROFORESIS: Polaridad.
-CAMBIO pH: Solubilidad.

EL proceso a escoger ha de tener las menos etapas posibles y poniendo en primer lugar aquellas que separen con menos eficiencia mayor cantidad de producto. (las etapas mas especificas al final)

SISTEMAS DE EXPRESION DE PROTEINAS RECOMBINANTES:

Bacterias: levaduras; celulas de insecto con vectores baculovirus.


Y hasta aqui puedo leer. Para que no todo sea un tostón infumable para mi buen amigo Lluis, añado una bonica cancion de esas que escucho cuando hago estos resumenes.



Gracias a todos los que me han dado animos estos dias!